八月中旬，武昌城中的主要湘军创始人罗泽南、王錱等，率领一干湘乡同乡将领多人，离开武昌返回湘乡。随后陈玉成率领甲三师、彭玉麟率领甲七师和乙十师，投降的韦俊、张子鹏率领原本的太平水师一共四万五千将士，于八月下旬攻破武昌城。曾国藩自尽，不过临时前命手下的湘军将士全部投降讨虏军，除了鲍超、李续宜、褚汝航和夏銮四将忠于满清，全部战死外，其余的湘军将领，悉数归降！另外还有俘虏的糊北巡抚青麟，也归降圣国。
随后，在九月初，甲三师和甲七师再加五千韦俊太平军，一同进军菏南，目前已经占领光州和信阳等地，正往南阳府、汝宁府和颍州府三地进军。
而最西路的川蜀之地，梁立泰率甲四师、罗琼树率甲六师，一北一南，夹击緟庆府城。沿长江一路攻占夔州府、忠州直隶州、石砫厅和叙州府、泸州、永川江津等地，不过緟庆城坚固异常，到九月中旬，仍是一直未能攻克。
东路京杭大运河上，这一路讨虏军进军最为坎坷曲折。
乙三师和乙六师以及石家兄弟率领的义一师，近四万水陆将士，在过了长江后，得到太平军水师黎振辉一部的投靠，大败清兵于三汊河大营，合力攻破了江北大营，斩杀清军四千余人，俘虏九千余人，缴获无数。尔后，于九月上旬围攻扬州城。
两江总督怡良和钦差大臣托明阿两人相互弹劾攻击，惹怒了咸丰，两人均被罢免官职，去职留任。
由于扬州城内的粮食都运往江北大营，导致城内缺粮，守城的两江总督怡良和一干手下，从城内百姓身上搜刮钱粮，大肆抢掠，终于逼起扬州城内的地方豪族不堪重负，暗暗组织乡民和团勇充当内应，联络城外的讨虏军一同攻城，在城内地方乡勇的配合下，于九月中旬攻克扬州城。
江总督怡良吞金自尽，刑部侍郎雷以諴和提督陈金绶城破时战死，总兵陈胜元和秦定三两人投降讨虏军。而江南提督和春趁乱化妆逃走，投奔已经逃至宝应城的托明阿。
随后，九月底，乙三师和乙六师以及投降的太平军将士，一路攻占高邮、宝应等城，一路北上准备围攻淮安府。
清妖派内阁学士胜保为统管黄淮军务的钦差大臣，会同汕东巡抚崇恩等地方官吏，督兵赶到淮安府的黄河边上的清河县，为了攻击讨虏军，清妖竟然不顾淮安的清江浦至板闸、杨家庙集和淮安府城这段运河沿线一带，聚集有近六十万人口，悍然决口黄河，水淹整个淮安府一带的水系。
幸好，运河与黄河相通，板闸过后才，黄河之水才开始汹涌而下，冲入淮安城及各处密布的河网。尽管有板闸的阻挡限制，但毕竟是黄河之水决口，哪怕是小决口，依旧将本就低洼的整个淮安城区一带淹没。
幸而有少量甲十师的水师和太平军水师黎振辉一部的大量船只，讨虏军将士损失不是太惨，但仍旧让乙三师和乙六师被洪水吞没近一千五百余人，军粮和沿途的俘获财物更是悉数被洪水冲走。
最为惨烈的是淮安府城外、运河沿岸的城镇、村庄里的百姓，有上十万人家园被毁，上万人被洪水冲走，数千浮尸水面，而淮安府城内，幸得城墙阻挡，水势上升较慢，但也死伤数千人。一时间，整个淮安府一带，尸横遍野，处处哭声。而且，最关键的是，粮食没了，洪水退去之后，马上便面临着饥荒和瘟疫，只怕到时死的人还要更多。
清妖的这一决口，确实达到了他们的目的，讨虏军无力再继续北上进军了。而淮安府知府恒廉率亲信逃窜，山阳县知县顾思尧率领乡绅百姓开淮安城投降讨虏军。虽然是不费吹灰之力地占领了淮安府城，但也接过了一个巨大的包袱。
不过，讨虏军在以林启荣为首的将领率领下，组织营救。数百船只四处搭救落难百姓，并将城中被淹百姓移往高处。
幸好，山阳知县顾思尧倒算为民的清官，对于清廷如此做派，不顾百姓故意决口黄河，异常失望，又看见讨虏军将士对待百姓甚是关爱，便率领乡勇，配合讨虏军将士，维护城内治安，积极安抚、营救百姓。
淮安府一带在四年前便发生过一次黄河自然决口，当时洪泽湖、六塘河大溢，洪泽湖最高水位也让淮安城进水，而咸丰二年开始，淮北大旱，运河断流，沟塘无水，地表开裂，遍野如焚。淮河流域又遭蝗灾，飞蝗蔽日，黑压压，乌沉沉，滚作隐雷，过境处齿噬牙咬，禾苗草木俱尽。
遭灾后的淮安，直到现在还没恢复过来，又遇此次洪灾，众百姓本以为没了活路，不想在讨虏军的积极赈灾下，甚至将军中的兵粮也拿了一半出来赈灾，活人无数，让淮安一带的百姓活命无数。
于是乎，乡野间奔走相告，人人愤怒清廷的残暴罪恶，称道圣国的宽厚仁慈，善待百姓，一时间，讨虏军声势大振，乡民向讨虏军提供满清的情报，各地驻防塘汛哨兵，被乡民俘获扣押，交送讨虏军处理。
待洪水退去，驻留在淮安府城一带半个月的讨虏军，加入了二万余名山阳青壮充当勇壮胁从军，一路随行，往北征战。
林启荣等率讨虏军将士从洪泽湖和运河两路杀出，进入黄河，将胜保率领的一万不到的清兵杀得大败。在淮安周边百姓的拥护支持下，讨虏军兵分两路，分别沿黄河和京杭大运河西进北上，进军神速，乙三师和万余太平军攻往徐州府城；乙