1853年，农历正月十六，冯云山在廣东巡抚衙门宣布，成立圣王王府。 原来的圣殿诸官自动转为圣王王府属官。
听到罗大纲、林凤祥和陈天仕等人率兵完全占领了高雷琼等三府后，冯云山派出在广州城内的张拔山率领乙二旅赶赴琼州府驻守，接替在那边的甲一师一个步兵团。又派出郑元伯率领乙一旅赶赴高州雷州等地驻守。
接着，在两广和其余占领区域全面推广永州土改试点时推行的地方村镇制度，并且，将地方村镇制度建立完善起来。
为此，圣王冯云山颁布了《圣王王府各级机构设置细则》，在里面规定，两广等凡讨虏军占领区域，正式全部实行细则规定的机构设置。
每五户人家为一伍，每二十五户，也就是五伍人家为一村小队，设立一小队长管理二十五户人家日常生产生活。
每一小队，设有小仓库一座，保管公有的生产物资，共用耕牛、大铁犁、风车、水车等物，供各家各户轮流使用。
按照冯云山的设想，这个小队，便成为最小的基层单元，便相当于后世中的村民小组，但又强化了集体的作用，使二十五户人家，成为一个整体，一个农村最小的农村公社组织。
每十个小队左右，设为一村。每村选一村长，选一账房和典库，负责管理二百到三百户人家的日常生产生活。村长、账房和典库均为兼职，有少量薪水，由全村百姓一道支付。
每村设村级仓库一座，除了保管公有的生产物资外，还存放上级部门发放下来的钱粮，作为备用，谁家遇难，便可申请较低的利息借用。当然，若是不还，便扣除其在公用仓库的财物，甚至派乡官强制执行归还。
每十村设立一乡或镇。境内无上二千人的圩集，便为乡，若是有超过二千人规模的圩集，便称之为镇。
乡与镇同级，设乡长或镇长正副各一名，另设账房、典库、税师、警师、医师、教师等若干人，由乡镇长管辖，薪水俱由上级支付。
乡镇内均设立一座乡库或镇库，存放全乡镇共用的生产物资，以及上级机构发下的各类器物，由账房、典库共同管理。
税师负责全乡镇各村的户口清查与土地丈量、划分等级和田地划分，最重要的是粮税核算与征收。每个乡镇设立一税务所，也是由税收负责管理。各村百姓的粮税，便交与税务所。
每个乡镇设立一处警务所，由警师管理，负责全乡镇的新兵招募、初步训练，还有日常的小型民事纠纷、仲裁，当然，最大的任务是负责乡镇的治安，抓捕盗贼罪犯，组织警务所协助地方预备役抵抗敌军入侵。
设立一医务所，由医师管理，为全乡镇百姓治病，预防瘟疫。
设立一家小型农民教习所，由教师管理，白天教习当地十四岁以下孩童，无论男女，启蒙各类国学和西学；夜晚则教习当地乡民识字、种植、养殖和手艺等技能。
每个乡镇设立一处中华复兴会分会，冯云山规定，乡镇长必须是从会员中选取。
原则上，县或州，仍然按原有区域划分，这样一来，每个州县下面的乡镇，并不是一致的。
州县仍沿用满清的大致不便，只是将原来的知州、知县改名为州长、县长，设正副各一名，名义上是圣王委派下来，替圣王掌管全州（县）政事。
设立县衙或州衙，下设庶务、财务、教务、医务、警务、工务六部门。
其中：庶务管人事和民政；财务管户口和财粮、税收；教务管教化和宣传礼祀；医务管疾病治疗和瘟疫防治；警务管传唤诉讼、缉捕案犯、治安调解以及新兵招募、士兵退伍安置等；工务负责工匠的管理，城建、水利、交通、厂矿等事务。
尤以庶务、财务、教务、警务、工务五个部门事务繁杂，人手所需颇多。
州县、乡镇两级的长官、附属官吏均有薪水糊口，薪水由本州县财务，按圣王规定的登记进行发放。
每个州县，成立一家农民教习所，由州县的教务长管理。日夜开展教习活动。从每乡、镇选取优秀聪慧少年或乡民，集中统一教授各类知识，考察合格后，派往州府重地或讨虏军之中，委以重任。
另外，教务长每季还需组织轮流人员至各镇宣传满清入关以来的种种恶行，如扬州十日、嘉定三屠、广州大屠杀等，丑化满清朝廷。
每个州县，成立一家百姓医院，由医务长管理，开设平价药铺，聘请郎中坐堂治病，并负责训练稳婆与医护女兵。
每个州县设立一警务局，由警务长管理，负责全州县的新兵招募，还有日常的民事纠纷、仲裁，和全县的的治安，管理本州县地方预备役士兵，负责警戒和对抗外敌入侵。
每州县又都有自己的税务局，下面各乡镇上交的粮税，均存入税务局总库中，定期全部上交给上级机构。
类似的，每直隶州、府仍按照原来的范围进行划分，只不过，所有直隶州，全改为府，以跟州县区分。如郴州原为糊南的直隶州，下辖有永兴、宜章、兴宁等5县，则改为郴州府，下辖县不变。
府一级与州县一样，所设机构、官职均类似，只是范围由县变为府。
省一级，因讨虏军只有二省之地，则并未划分，直接由圣王王府管辖到各府。
而圣王王府，为中央一级，下设庶务部、宣传部、司法部、财税部、内务部、外务部以及警务部、医教部、农业部