直到十时零五分左右，日军的第二波攻击基本完成了，美军的三艘航母和七艘战列舰大部分沉没，只有萨拉托加号和两艘战列舰想冲出港口没有成功后搁浅在海滩上，但也伤痕累累，不经过大修，基本不可能恢复战力。而夏威夷各机场都遭到洗礼，在日军第二波完成后，有两百三十余架飞机毁灭或受损。
至此，美军的太平洋舰队的主力可谓是被摧毁了，日军的战绩显著，应该也可以收手了。但美国人并没想到，这次来的是赌神山本五十六，他不是优柔寡断的南云忠一，何况美国佬的航母已经完蛋，舰队的安全可以得到很大的保障。如果可以的话，山本五十六恨不得把美军所有的舰艇，不管大船小船全部炸沉，还有美军的兵营、油库、指挥部等各种军事机构，他极希望能够全部予以摧毁，所以，他毫不犹豫的下令第三波攻击还得进行。
这第三波攻击和前两波不同，前两波是计划中必须进行的，所有弹药和燃料都是事前填装好的，第三波根据实际情况取舍，因为第三波去攻击的飞机主力来自第一波，而且飞机的燃料、弹药之类的要重新填装和挂载，都需要时间。这些时间可能会被美国人利用，从而对第三波飞机造成伤害，甚至派出有可能没被击毁的飞机前来攻击舰队，更重要的一点，如果第三波攻击发动，舰载机的储存燃料和弹药都将要被耗光，也就是说，到时候，所有飞机可能没有燃料和弹药可用了，如果有敌对飞机突然飞来，舰队是比较危险的。
但是，山本五十六是谁，赌神哪，连整个大日本帝国的国运都敢拿去赌，他还有什么不敢赌的。就在第一波飞机回航后，他就确定了第三波攻击的必须进行，如果不是舰队的兵员太少，他甚至恨不得立即直接登陆占领夏威夷了。
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