得知红毛来犯，巡抚邹维琏至月港指挥明军舰队，在当地誓师，令郑芝龙为前锋，亲自渡过海澄，誓师督战。10月17日，明军得知荷兰舰队以及海盗舰队位置以及规模（夹板船9艘，海盗50多艘），下令福建所有明军水师出击。18日，明军在铜山外海与荷刘联军激战，双方互有损伤。
不管是中左所遭遇袭击，还是这两个月与荷刘联军大大小小的接触战，损失最重的还是郑芝龙。损失的人马既是部下又是绿林兄弟，因此，除了明朝官方安排的赏格外，郑芝龙本人动用了江湖令。他用自己的私人金库对手下发出赏格：参战者每人给银二两，若战事延长，额外增给五两。每只火船16人，若烧了荷兰船，给银二百两16人分，一个红毛人头给银五十两。
当时朝廷的七品官月俸也不过白银五两左右，这个赏格相当之高。高赏格加上江湖义气激起的愤怒，使得郑芝龙的部下士气高涨。在明军积极备战时，荷兰人也不敢怠慢，他们集合了大员所有的战舰，并征用了巴达维亚来大员送货的几艘武装商船，严阵以待。这以后的一段时间里，双方重兵集团互相搜索，互寻战机。
在这紧要当口，郑家满载三十万两白银的货船到达了博辅，并带来了郑芝龙的口信，“邀请”琼州营北上助阵，参与决战。为了避免跨省作战的麻烦，还准备了福建巡抚衙门请求广东巡抚衙门调拨琼州营助剿红毛的公文。
公私两方的理由都有了，刘烨没有等待广东巡抚衙门的命令，就下令早就枕戈待旦的琼州营择日出发，来个先斩后奏。
这件事他很有把握，来自广东官方的阻力几乎不会有：一来巡抚慕天颜和他的私交密切；二来剿灭红毛是崇祯下的圣旨，自然不会有人反对。
至于那三十万两买炮的货款，被刘烨毫不客气地收下了，其中大部分拨付给了造船厂和兵工厂，用于一千吨战舰的建造和武毅级战舰产能的扩充，以及配套舰炮的铸造，这两处地方现在是整个琼州营体系最需要银子、消耗也最多的所在。舰队出发之前，临时参谋处召开了第二次会议，制定此行的作战计划。
一切计划和部署都是围绕刘烨的战略目标进行的。刘烨提出了明确的要求：第一，海战中，琼州营海军只能作为预备力量最后投入战场，不能充当炮灰；第二，明修栈道、暗度陈仓，如果郑芝龙占上风，另派一支力量抄荷刘联军的后路，占据热兰遮港口，尽可能地俘虏海盗和荷兰水手，扩充海军的力量。反之，如果郑芝龙溃败，则直扑安平，俘虏郑氏族人，作为要挟郑家残部归顺的筹码。
“不管哪家战败，接受其残部都可以增强琼州营海军的力量。”刘烨强调，“郑家和刘香的手下都是战斗经验丰富的海盗，荷兰人的水手更是经过训练的职业军人，若是全部葬身大海也太可惜了。”
以严光为首的临时参谋们有些头疼。将军的第一个要求不难做到，到达战场之后，不到合适的时机不冲到一线就行了。可是第二个要求就很有些难度了，关键在于其不确定性。
郑家与荷刘联军大战，谁输谁赢都有可能，哪一方都没有压倒性的优势，而到底是该把机动力量布置在东番岛还是安平，这是一个只能二选一的选择题，不存在骑墙观望的可能。
李飞指着地图阐述自己的想法：“以郑芝龙一贯的作风，肯定是以炮船压阵、火船攻击为主，那么决战的地点不会在大洋深处，很可能是在沿海某处地方，加上红毛没法堂而皇之登陆上岸，只能在附近的岛屿补充给养，那么双方决战有可能是在澎湖、金门、南澳这几个能够补给的岛屿周围。那么问题来了，我们抄后路的船队该藏到哪儿才不会被双方发现呢？”
严光皱起了眉头：“无处可藏，那么就只能选择一处直接杀过去。如果躲在东番岛，郑芝龙战败，我们再怎么样也不可能抢在他前面赶到安平，反之亦然。”
李飞点头道：“如果红毛战败，等我们从福建渡海来到东番岛，他们躲进热兰遮城那个乌龟壳里，断后路就变成了强攻，得不偿失。”
刘黑子小心翼翼提出自己的看法：“依小的看来，与其两头落空，还不如赌一把，买定离手，开大还是开小就凭天意了。至于咱们是押郑家还是红毛，就看哪家的手下容易臣服，否则忙活半天人家宁死不从，抓来又有什么用？”
严光笑了：“刘黑子话糙理不糙，有道理。”
李飞若有所思：“要这么说的话，倒是刘香和红毛的人马收编容易些。刘香死了的话，他的手下群龙无首，拉拢过来毫不费力。红毛虽然麻烦点，但他们爱财，相信不会和银子过不去。”
列席会议的高杰插话道：“没错。尼德兰人生性贪婪，只要给足了钱，他们不会介意在远东改行做雇佣兵的。”
李飞继续说：“相比之下，郑家就难说了：首脑人物都是郑家的族人，下面的头目都是拜把子的兄弟，很讲江湖义气，就算强拉过来用着也不放心。”
严光听了他俩的话，权衡片刻，拍板道：“既然如此，就赌一把，咱们押郑芝龙赢，把人手都布置在东番岛。”
徐一凡询问：“是否要登陆？如果动用陆军，打不打红毛的城堡？听说他们的城堡都是石头砌成，异常坚固，要打得话就得早做准备。”
这就是衍生的问题了，果然打仗推演没那么简单，一环扣一环