当黎天再次踏入火影忍者世界，他猛然发现了一丝不同，于是连忙联系之前的挂机分身。两者相聚之后，黎天二话不说解开了忍术，对方直接消失，然后所得全部被本体承接。
“叮咚，玩家在挂机期间获得经验值若干，等级10级，如今为110级，请玩家不断努力，继续提升等级。”
“叮咚，玩家在挂机期间获得物品若干，请玩家自行在人物包裹内查收，鉴于物品太多，包裹已经自行分类。部分忍者技能将直接化为技能经验，为玩家提升技能等级，加强技能威力。”
……
一连串的系统提示音直接令黎天有点发懵，除此之外，还有各种记忆画面也在脑海中不断亮起，这是挂机分身在他不在的时间内参与和经历的一切。这倒是不错，可以有助于他尽快地掌握如今的局势。
在这段时间内，他离开后不久，五影便举行了会谈。而佐助也闯入了会谈现场，和雷影发生了正面交锋。佐助同雷影一对一的交战开始了，与此同时，鸣人无法理解为什么佐助会选择复仇。
关于仇恨的根源，阿飞不得不把六道仙人的往事搬出来，当年六道仙人离世前必须选择一名继承人，于是他选择了追求爱的弟弟，放弃了追求力量的哥哥，身为长子的哥哥无法认同六道仙人舍长立幼的现实，在憎恨的驱使下同弟弟大动干戈，并持续不断地保持着仇恨。
随着光阴流逝，虽然血缘渐渐淡去，但是斗争和憎恨依旧存在，而哥哥的后人则是宇智波，弟弟的后人是千手，斑和千手的战争不可避免，这是命运的轮回，鸣人和佐助终将遵循命运的安排。
和雷影的战斗，终究佐助还是受伤，但五影会谈却是被破坏。而就在这时候，阿飞突然出现在五影会谈的会场，他利用时空术将佐助和香磷带走，并且将晓组织的月之眼计划透露给在场的四影。所谓的月之眼计划就是让世界天地合一同他融为一体，提到这个计划不得不牵扯到六道仙人的故事，而说起这些往事就必须提到十尾的存在，原来目前分散在各个村子的尾兽都是十尾查克拉的一部分，六道仙人则是十尾的人柱力。
这些正是黎天不久前才在苏苏那里得到的消息，如此说来，他的猜测是对的。但是阿飞居然会主动说出这些来，他的目的到底是为什么，难道想要阻止这一切发生吗？
但阿飞的这次说明却是向五影村宣战，于是这一次的五影座谈，直接决定成立忍者联合军，也算忍者历史上的一次重要改革。
另一面，因为八尾的事情，晓组织再次安排人前往，黎天的分身自然不愿错过，一起前去。而他也见识到那鬼鲛的特殊之力，难怪他会被称为无尾尾兽，其实力真的不弱。
鬼鲛的大刀鲛肌居然能一次性吞噬掉八尾奇拉比尾兽外衣六条尾巴的查克拉，无奈之下，奇拉比决定启用形态二，令他惊讶的是，鲛肌居然将奇拉比的形态二打回了形态一。
不仅如此，身受重伤的鬼鲛居然奇迹般的复原了，鬼鲛使用水遁大爆水冲波将奇拉比、阿三师傅和嘣太困在其中，自己则与鲛肌合为一体，奇拉比陷入了苦战。这个时候，黎天的分身选择出现。
奇拉比等人见到突然出现了黎天，自然明白过来对方是来帮忙，于是展开了反击。最终经历一番战斗之后，在黎天的分身开启八门遁甲，施展奥义之后，却是终于击杀了鬼鲛，让他的晓组织卡片再次集合一张。
如此一来，晓组织的几位便只剩下小南、宇智波带土还有绝的卡片。其中小南和绝还好说，但是宇智波带土却是很难对付，并且对付貌似也掌握着空间忍术，可以自由地逃跑。
纲手终于醒来，卡卡西也因此将自己的火影之位交给对方，并告知了上一次的五影座谈会议所定。纲手立马安排卡卡西，将他们所掌握的信息以最快速度用忍犬传递到五个忍者大国，当前最重要的事就是统一战线共享情报，与此同时，在天画的公证下五国大名决定成立忍者联合军。
而村子在这段时间内也是在蒸蒸日上的重建，这样倒是剩下纲手不少的精力，毕竟这个她不需要操心太多。
鸣人这个时候突然被召唤回了妙木山，其在接受了蛤蟆仙人的预言后，准备解开自己身上的四象封印，一旦封印解开，九尾的力量就会被鸣人所用，可伴随着这股力量，九尾的意识也会侵入鸣人的体内，只有准确将九尾的力量和意识分开后，鸣人才能获得更强大的力量。
冒着九尾力量随时会失控的危险，鸣人坚定地选择解开封印。另一方面，隐藏了很久的兜出现，没有想到他居然获得了一股强大的力量，并利用这股力量和斑做了一个完美的交易。
三天后将举行忍者联合军的会议，此刻的木叶忍者村却因鸣人的突然失踪慌乱了一阵，不久鸣人从妙木山返回木叶，带来了蛤蟆仙人的预言，可纲手、卡卡西却完全不明白预言的含义。
忍者世界即将开始第四次忍者大战，鹿丸和丁次已经做好了战斗的觉悟，而小樱也着手开始收集以前战争的情况。在联合会议上，尽管纲手反对不允许鸣人和奇拉比参战的决定，可面对其他各国的坚持，纲手只得妥协了。
为了迎接第四次忍者大战，大家都在不断做着准备，十二小强也各自开展其自己的训练还有任务。不管如何，他们都希望变得更加强大，这样才能在第四次忍者大战做到更